蛋白质结构与功能预测.ppt

模板搜索与比对 工具 网站 备注 PSI-BLAST /BLAST/ 位置特异性叠代BLAST，可用来搜索远源家族序列 FASTA3 http://www.ebi.ac.uk/fasta33/ 位于EBI的序列比对工具 SSEARCH rs.fr/bin/ssearch-guess.cgi 采用Smith/Waterman法来进行序列比对 ClustalW http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw/index.html 多序列比对工具，位于EBI T-Coffee http://www.ebi.ac.uk/t-coffee/ 用多种方法（如ClustalW、DIalign等）来构建多序列比对 Multalin http://bioinfo.genopole-toulouse.prd.fr/multalin/multalin.html 一个老牌的多序列比对工具 Dali http://www.ebi.ac.uk/dali/ 三维结构比对网络服务器 VAST /Structure/VAST/vast.shtml 基于向量并列分析算法的三维结构比对工具 SAM-T99 /research/compbio/sam.html 用HMM法搜索蛋白质远源同源序列 第五十九页，共七十五页，2022年，8月28日 同源建模法 工具 网站 备注 SWISS-MODEL / 完整建模程序，采用同源性鉴定来确定模板蛋白，用户也可以自定义模板进行分析 CPHmodels http://www.cbs.dtu.dk/services/CPHmodels/ 基于神经网络的同源建模工具，用户只需提交序列，无高级选项 EsyPred3D http://www.fundp.ac.be/urbm/bioinfo/esypred/ 采用神经网络来提高同源建模准确性的预测工具 3Djigsaw http://www.bmm.icnet.uk/servers/3djigsaw/ 根据同源已知结构蛋白来建模的预测工具 MODELLER /modeller/ 一个广泛使用的同源建模软件，需要用户对脚本有一定的了解 第六十页，共七十五页，2022年，8月28日 串线法 工具 网站 备注 3D-PSSM http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~3dpssm/index2.html 第一个运用1D-3D序列profile来预测蛋白质折叠结构的网络服务器 Fugue http://www-cryst.bioc.cam.ac.uk/~fugue/ 以序列—结构比对搜索数据库来预测蛋白质折叠 HHpred http://toolkit.tuebingen.mpg.de/hhpred 基于HMM-HMM比对搜索多个数据库来预测给定序列的的折叠结构 LOOPP /loopp.aspx 学习、观察和输出蛋白质模式和结构工具 THREADER http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/threader/ 一个老牌的线索分析软件，对搜索远源蛋白序列较敏感 PROSPECT /structure/prospect/index.html 蛋白质结构预测和评价工具包，能以一种非常简单的方式运行，对于高级用户，也提供了很多的可选项 123D+ http://123/123D+.html 结合了序列概形，二级结构信息和接触势能来将待测蛋白“穿入”一系列结构来预测结构 SAM-T02 /research/compbio/HMM-apps/T02-query.html 基于HMM方法的蛋白质结构预测 GenThreader http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/psiform.html 使用结构评分和基于神经网络序列比对来也测蛋白折叠结构 第六十一页，共七十五页，2022年，8月28日 SWISS-MODEL/SWISS-PdbView SWISS-MODEL工具 同源建模方法 与PDB数据库已知结构的蛋白质序列比对进行预测 第六十二页，共七十五页，2022年，8月28日 一步模式 比对模式 优化模式 第六十三页，共七十五页，2022年，8月28日 主要参数/选项 粘贴protein.txt中 一条蛋白质序列 输入用户Email（选填） 第六十四页，共七十五页，2022年，8月28日 第二十七页，共七十五页，2022年，8月28日 练习二：TMpred 数据：C:\ZCNI\shixi4\protein.txt 第二十八页，共七十五页，2022年，8月28日 三、蛋白质二级结构预测 基本的二级结构 α螺旋，β折叠， β转角，无规则卷曲（coils）以及模序（motif）等蛋白质局部结构组件 分析方法： 基