- 1、本文档共28页,可阅读全部内容。
- 2、原创力文档(book118)网站文档一经付费(服务费),不意味着购买了该文档的版权,仅供个人/单位学习、研究之用,不得用于商业用途,未经授权,严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等,侵权必究。
- 3、本站所有内容均由合作方或网友上传,本站不对文档的完整性、权威性及其观点立场正确性做任何保证或承诺!文档内容仅供研究参考,付费前请自行鉴别。如您付费,意味着您自己接受本站规则且自行承担风险,本站不退款、不进行额外附加服务;查看《如何避免下载的几个坑》。如果您已付费下载过本站文档,您可以点击 这里二次下载。
- 4、如文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等,请点击“版权申诉”(推荐),也可以打举报电话:400-050-0827(电话支持时间:9:00-18:30)。
查看更多
Clustalx Clustal是一个单机版的基于渐进比对的多序列比对工具,由Higgins D.G. 等开发。有应用于多种操作系统平台的版本,包括linux版,DOS版的clustlw,clustalx(clustalw的PC版本)等。 Clustalx的工作原理 Clustalx输入多个序列 快速的序列两两比对,计算序列间的距离,获得一个距离矩阵。 邻接法(NJ)构建一个树(引导树) 根据引导树,渐进比对多个序列。 多序列比对的意义 用于描述一组序列之间的相似性关系,以便了解一个分子家族的基本特征,寻找motif,保守区域等。 用于描述一组同源序列之间的亲缘关系的远近,应用到进化分析中 其他应用,如构建profile,打分矩阵等。 数据的输入 1.输入输出格式。 ---输入序列的格式比较灵活,可以是FASTA格式,还可以是PIR、SWISS-PROT、GDE、Clustal、GCG/MSF、RSF等格式。 ---输出格式也可以选择,有ALN、GCG、PHYLIP和NEXUS等,用户可以根据自己的需要选择合适的输出格式。 2.注意: ---需要比对的多条序列可以保存在一个TXT文件中,选择load载入;也可以分别保存,选择append分条载入(此情况下选择load载入会自动覆盖前一序列)。 ---文件中每条序列必须以“>”号和注释开头,序列部分则另起一行,其中注释部分就是软件操作过程中序列的标识。 ---clustal软件及相关的序列文件要保存在纯英文文件夹下,否则无法载入序列。 实例操作: Step1 clustalx的下载 Step2 执行完全序列比对 Step3 输出aln和dnd文件 Step4 treeview软件制作进化树 Step1 clustalx的下载 Step2-执行序列比对 实行序列比对操作 执行序列比对命令后的界面 EMBL-EBI?< Help < Tools <?Clustal?Omega?FAQ 可以选择输出任意几条序列的比对打分并保存。文件形式如左图所示,默认保存在clustal所在文件夹下。 打开此文件后选择写字板显示如左图。其中五条序列相应位置上残基的比对得分在右侧显示,当五个残基完全一致时,分值为100分;当有不同残基时,根据选择的矩阵打分方式,不同的残基种类和不同的个数,其得分也不尽相同。 Step3-输出aln和dnd文件
您可能关注的文档
- 营养与能量的平衡.ppt
- 饮食的营养以及健康.ppt
- 遗传学第十一章群体与进化遗传的分析.ppt
- 药用植物分类的概述试讲内容.ppt
- 药理学的胰岛素以及口服抗糖尿病药.ppt
- 药事管理的检查的项目.ppt
- 选修模块----电磁感应的现象.ppt
- 心房纤颤的治疗和指南.ppt
- HBV及HCV高精度检测在临床中的意义.ppt
- SNP检测的方法概述.ppt
- GB/T 40096.6-2024就地化继电保护装置技术规范 第6部分:母线保护.pdf
- 《GB/T 40096.6-2024就地化继电保护装置技术规范 第6部分:母线保护》.pdf
- GB/T 43980-2024口译服务 医疗口译要求.pdf
- 中国国家标准 GB/T 43980-2024口译服务 医疗口译要求.pdf
- 《GB/T 43980-2024口译服务 医疗口译要求》.pdf
- GB/T 17215.301-2024电测量设备(交流) 特殊要求 第1部分:多功能电能表.pdf
- 《GB/T 17215.301-2024电测量设备(交流) 特殊要求 第1部分:多功能电能表》.pdf
- 中国国家标准 GB/T 17215.301-2024电测量设备(交流) 特殊要求 第1部分:多功能电能表.pdf
- 中国国家标准 GB/Z 43973-2024非介入式负荷监测(NILM)系统用感知装置.pdf
- GB/Z 43973-2024非介入式负荷监测(NILM)系统用感知装置.pdf
文档评论(0)