基于网络药理学与分子对接技...上柏在治疗癌症中的作用机制_武乐.pdfVIP

实用癌症杂志２０２２年１２月第３７卷第１２期　 Ｔｈｅ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ，Ｄｅｃｅｍｂｅｒ２０２２，Ｖｏｌ３７，Ｎｏ．１２ ·１９６１· 基于网络药理学与分子对接技术探讨石上柏在治疗癌症中 的作用机制 武　 乐　 黄淑娟　 余腾骅　 邱宇安　 方义文　 梁　 群　 何　 芳　 刘利艳 　 　 【摘要】　 目的　 采用网络药理学和分子对接技术分析方法，建立石上柏治疗癌症的“化合物⁃靶标⁃疾病⁃通路”作用 网络，探索石上柏抗肿瘤作用机制。 方法　 通过中药系统药理学分析平台ＴＣＭＳＰ数据库收集石上柏的所有活性成分； 根据类药性（ＤＬ）及口服生物利用度（ＯＢ）相关条件筛选，获得活性成分；通过ＰｕｂＣｈｅｍ和ｓｗｉｓｓｔａｒｇｅｔ数据库寻找经筛选 后活性成分的预测靶点，在疾病靶点数据库ＤｉｓＧｅＮＥＴ和 Ｇｅｎｅｃａｒｄｓ、数据交集数据库Ｄｒａｗ Ｖｅｎｎ Ｄｉａｇｒａｍ搜索共同靶基 因；通过Ｓｔｒｉｎｇ 网络平台与Ｃｙｔｏｓｃａｐｅ软件结合，绘制蛋白相互作用网络，归纳总结石上柏的主要潜在靶点；通过ＫＥＧＧ通 路进行富集和生物学分析、采用分子对接软件ＤＩＳＣＯＶＥＲＹ ＳＴＵＤＩＯ对潜在的作用靶点（靶点数目最多的活性成分和蛋 白相互作用中自由度最大的蛋白质）进行验证。 结果　 石上柏预测靶点与癌症靶点的交叉靶点共有７８ 个，主要活性成 分可能为芹菜素、（６⁃［５⁃（５，７⁃二羟基⁃４⁃酮⁃色烯⁃２⁃基）⁃２⁃甲氧基⁃苯基］⁃５，７⁃二羟基⁃２⁃（４⁃羟基苯基）色酮）和谷甾醇，核 心靶点为血管内皮生长因子Ａ（ＶＥＧＦＡ）、蛋白激酶 １（ＡＫＴ１）、表皮生长因子受体（ＥＧＦＲ）、雌激素受体１（ＥＳＲ１）、Ｓｒｃ蛋 白（ＳＲＣ）、前列腺素内过氧化物合酶２（ＰＴＧＳ２）等；经通路分析发现共涉及通路４２ 条，其中１９ 条通路与癌症相关；分子 对接显示石上柏中（６⁃［５⁃（５，７⁃二羟基⁃４⁃酮⁃色烯⁃２⁃基）⁃２⁃甲氧基⁃苯基］⁃５，７⁃二羟基⁃２⁃（４⁃羟基苯基）色酮）、芹菜素能与 ＡＫＴ１、ＶＥＦＧＡ稳定结合，并分别通过 ＨＩＳ Ａ５６、ＧＬＹ Ａ２４、ＬＹＳ Ａ４１，ＧＬＮ Ｅ１１２、ＧＬＮ Ｅ３９、ＧＬＮ Ｆ３９；ＬＹＳ Ｂ４３、ＧＬＮ Ａ３９、 ＧＬＵＢ１６６，ＧＬＵＡ６０、ＬＹＳＡ４１和ＰＨＥＡ２３等氨基酸残基进行相互作用。 结论　 该研究揭示了石上柏治疗癌症是基于潜 在的多成分、多靶点、多通路的相互协作作用机制。 　 　 【关键词】　 网络药理学；分子对接；石上柏；癌症 　 　 ＤＯＩ：１０．３９６９／ ｊ．ｉｓｓｎ．１００１⁃５９３０．２０２２．１２．０１３ 　 　 中图分类号：Ｒ７３０．５２　 　 文献标识码：Ａ　 　 文章编号：１００１⁃５９３０（２０２２）１２⁃１９６１⁃０６ Ｓｔｕｄｙ ｏｎ ｔｈｅ Ｍｅｃｈａｎｉｓｍ ｏｆ Ｓｅｌａｇｉｎｅｌｌａ Ｄｏｅｄｅｒｌｅｉｎｉｉ Ｈｉｅｒｏｎ ｉｎ Ｔｒｅａｔｉｎｇ Ｃａｎｃｅｒ Ｂａｓｅｄ ｏｎ Ｎｅｔｗｏｒｋ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｏｃｋｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ＷＵＬｅ，ＨＵＡＮＧＳｈｕｊｕａｎ，ＹＵ Ｔｅｎｇｈｕａ，ｅｔ ａｌ．　 Ｊｉａｎｇｘｉ Ｃａｎｃｅｒ Ｈｏｓｐｉｔａｌ，Ｎａｎｃｈａｎｇ，３３００２９ 　 　 【Ａｂｓｔｒａｃｔ】　 Ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ　 Ｔｏ ｅｓｔａｂｌｉｓｈ ａ ｎｅｔｗｏｒｋ ｏｆ “ｃｏｍｐｏｕｎｄ⁃ｔａｒｇｅｔ⁃ｄｉｓｅａｓｅ⁃ｐａｔｈｗａｙ” ｆｏｒ ｔｈｅ ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ｏｆ ｃａｎｃｅｒ ｂａｓｅｄ ｏｎｎｅｔｗｏｒｋｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙａｎｄｍｏｌｅｃｕｌａｒｄｏｃｋｉｎｇｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓｔｏｅｘｐｌｏｒｅｔｈｅｍｅｃｈａｎｉｓｍｏｆ ａｎｔｉ⁃ｔｕｍｏｒｅｆｆｅｃｔｏｆ ＳｅｌａｇｉｎｅｌｌａＤｏｅｄｅｒｌｅｉ⁃ ｎｉｉ Ｈｉｅｒｏｎ．Ｍｅｔｈｏｄｓ　 Ａｌｌ ｉｎｇｒｅｄｉｅｎｔｓ ｏｆ Ｓｅｌａｇｉｎｅｌｌａ Ｄｏｅｄｅｒｌｅｉｎｉｉ Ｈｉｅｒｏｎ ｗｅｒｅ ｃｏｌｌｅｃｔｅｄ ｆｒｏｍ ＴＣＭＳＰ ｄａｔａｂａｓｅ ｏｆ Ｃｈｉｎｅｓｅ ｍｅｄｉ⁃ ｃｉｎｅ ｓｙｓｔｅｍ ｐｈａｒ