GenBank数据检索与应用.ppt

Genbank 格式： Genbank 格式： Genbank 格式： Genbank 格式： Genbank 格式： Genbank 格式： Genbank 格式： Genbank 格式： GenBank记录中特性表中的主要关键词: 关键词 解 释 关键词 解 释 misc_feature 生物学特性无法用特性表关键词描述的序列 promoter 转录起始区 misc_difference 序列特性无法用特性表关键词描述的序列 CAAT_signal 真核启动子上游的CAAT盒,与RNA结合相关 conflict 同一序列在不同的研究中在位点或区域上有差异 TATA_signal 真核启动子的TATA盒 unsure 序列不能确定的区域 -35_signal 原核启动子中的-35框 old_sequence 该序列对以前的版本做过修订 -10_signal 原核启动子的Pribow盒 variation 包含稳定突变的序列 GC_signal 真核启动子的GC盒 modified_base 修饰过的核苷酸 RBS 核糖体结合位点 gene 已识别为基因或已命名的序列区域 polyA_signal RNA转录本的剪切识别位点 misc_signal 无法用信号特性关键词描述的信号序列 enhancer 增强子 关键词 解 释 关键词 解 释 attenuator 与转录终止有关的序列 CDS 蛋白质编码序列 terminator 转录终止序列 sig_peptide 编码信号肽的序列 rep_origin 双链DNA复制起始区 transit_peptide 转运蛋白编码序列 misc_RNA 无法用RNA关键词描述的转录物或RNA产物 mat_peptide 编码成熟肽的序列 prim_transcript 初始转录本 intron 内含子 precursor_RNA 前体RNA polyA_site RNA转录本的多聚腺苷酸化位点 mRNA 信使RNA rRNA 核糖体RNA 5’clip 前体转录本中被剪切掉的5’端序列 tRNA 转运RNA 3’ clip 前体转录本中被剪切掉的3’端序列 scRNA 小细胞质RNA 5’UTR 5’非翻译区 snRNA 小核RNA 3’UTR exon 3’非翻译区 外显子 snoRNA 加工和修饰rRNA的小核RNA 关键词 解 释 关键词 解 释 immunoglobulin_related repeat_unit 单个的重复元件 C_region 免疫相关蛋白上的不变区 LTR 长末端重复序列 D_segment 免疫球蛋白重链的可变区， T细胞受体β链 Satellite 卫星重复序列 J_ segment 免疫球蛋白重链、轻链以及T细胞α、β、γ的结合链 misc_binding 无法描述的核酸序列结合位点 N_ region 插入重排免疫球蛋白片段间的核苷酸 primer_bind 复制、转录的引物结合位点 S_ region 免疫球蛋白重链的开关区 protein_bind 蛋白质结合区 V_ region 编码免疫球蛋白的可变区N末端的序列 STS 测序标签位点 V_ segment 编码免疫球蛋白的可变区的序列 misc_recomb 无法用重组特性关键词描述的重组事件 repeat_region 基因组中所包含的重复序列 iDNA 通过重组所消除的DNA 关键词 解 释 关键词 解 释 misc_structure 无法用结构关键词描述的核酸序列高级结构或构型 stem_loop 发夹结构 D_loop 线粒体中DNA中的取代环 GenBank记录中特性表中的限定词: 限定词 含 义 限定词 含 义 /allele= 给定基因的等位基因 /codon_start= 相对于序列第一个碱基，编码序列密码子的偏移量 /bound_moiety= 嵌合范围 /country= DNA样本的来源国 /cell_type= 获得序列的细胞类型 /db_xref= 其他数据库信息的交叉索引号 /citation= 已被引用的参考文献数 /direction= DNA复制方向 /clone_lib= 获得序列的克隆文库 /environmental_sample= 序列直接从环境材料中获得而没有指明来源物种 限定词 含 义 限定词 含 义 /exception= 指明DNA序列未按通常的生物学规律翻译，如RNA编辑 /PCR_conditi-ons= 描述PCR的反应条件 /frequency= 在种群中发生变异的频率 /pop_variant= 获得序列的群体变异种名称 /germline 如果序列是DNA并来源于免疫球蛋白家族，则表示该序列来源于未重排