基因组二代测序数据与三代测序数据的混合校正和组装_马东娜.pdf

基因组学与应用生物学，2018年，第37卷，第4期，第1547-1555页

GenomicsandAppliedBiology,2018,Vol.37,No.4,1547-1555

研究报告

ResearchReport

基因组二代测序数据与三代测序数据的混合校正和组装

1,2,3,451,2,31,2,3,451,2,3,4*1,2,3,4

马东娜张兴坦魏柳锋李仪莹钟伟民赵茜尤民生*

1福建农林大学闽台作物有害生物生态防控国家重点实验室,福州,350002福建农林大学应用生态研究所;2,福州,350002农业部闽台作物;3

有害生物综合治理重点实验室,福州,350002害虫绿色防控福建省高等学校重点实验室;4,福州,350002福建农林大学海峡联合;5研究院,福

州,350002

*共同通讯作者,zhaoqian977228@126.com;msyou@

摘要第三代单分子测序是一种通量高、速度快、读长长的新型测序技术，但是和二代测序技术相比，这种

测序方法因错误率较高而限制了其在各方面的应用。为了能有效的降低错误率、提高组装质量，本研究以拟

南芥作为研究对象，通过数据模拟等生信手段比较评估了不同软件对三代测序的纠错效率以及在不同测序

深度下的混合组装效果，以期找到最佳混合组装效果的测序深度及混装软件。通过比较四种混合校正软件

PBcR、LoRDEC、Jabba、Proovread对二代和三代数据的矫正效果。我们发现，LoRDEC以最快的速度将核酸

准确性从85%提高到99%，为评估软件中最佳选择。在LoRDEC矫正结果的基础上，为了最大限度的节省测

序成本，我们进一步分析了不同测序深度的二代(25~100)和三代(20~50)混合组装效果，以期找到成本最

××××

低、混装效果最好的测序策略。结果表明，混合组装软件DBG2OLC和三代组装软件canu能够产生更长的组

装序列和更好的基因完整性。

关键词第二代DNA测序技术,第三代DNA测序技术,混合校正,混合组装

BenchmarkingHybridCorrectio

andLongPacBioReads

1,2,3,451,2,3,41,2,3,451,2,3,4*

MaDongnaZhangXingtanWeiLiufengLiYiyingZhongWeiminZhaoQianYou

1,2,3,4*

Minsheng

Crops,MinistryofAgriculture,Fuzhou,350002

ProvinceUniversity,Fuzhou,350002

*Co-correspondingauthors,zhaoqian977228

DOI:10.13417/j.gab.037.001547

AbstractThePacificBioSciences(PacBio)sequencin

(Iso-Seq)offersgreatimprovementovercurren

andlongerreads.However,compare

PacBioisfairlyhigher,leadingtoaloweraccurac

assembly,wegeneratedthesimulatetocomparddatafrom

Arabidopsisthaliana

correcte

optimi

基金项目：本研究由国家自然科学基金(No.31320103922和No和福建省自然科学基金青年项目(No.2017J0102)共

同资助

引用格式：

马东娜,张兴坦,魏柳锋,李仪莹,钟伟民,赵茜,尤民生,2018,基因组二代测序数据与三代测序数据的混合校

37(4):1547-1555(

正和组装,基因组学与应用生物学,37(4):1547-1555)

基因组二代测序数据与三代测序数据的混合校正和组装

1548

softw