《生物信息学》练习题剖析.docx

1、 在Genbank中查找以下6个植物蛋白序列：protein1:NP_974673.2; protein2: NP_187969.1; protein3: NP_190855.1; protein4: NP_565618.1; protein5: NP_200511.1; protein6: NP_191407.1 (以FASTA格式)。 用EBI上的ClustalW2工具对其进行多序列比对，分析各蛋白序 列之间的同源性。 序列比对结果 比对结果表明：protein1:NP_974673.2 和 protein4: NP_565618.1 的亲缘关系最近。 利用Phylip软件，选择距离法构建其进化树（要求写出具体的建 树步骤）。 1．将蛋白序列保存为FASTA格式，存于txt文档； 2.用Clustalx打开txt文本，保存为*.phy文件； 用seqboot程序打开phy文件，输出结果文件*_seqboot 用protdist程序打开*_seqboot文件，输出为*_protdist文件 用neighbor程序打开*_protdist文件,输出为*_neighbor文件 用consense程序打开*_neighbor文件,输出为*_consense文件 用dratree程序打开*_consense文件得到进化树。 （注：由于seqboot软见无法正常运行，因此进化树无法显示） 选择 protein3: NP_190855.1一 选择 protein3: NP_190855.1 一级结构 网址： /tools/protparam.html Number of amino acids: 456 Molecular weight: 51154.5 Theoretical pI: 8.69 氨基酸数目 相对分子质量理论 pI 值 Amino acid composition 氨基酸组成 Ala (A) 30 6.6% Arg (R) 28 6.1% Asn (N) 15 3.3% Asp (D) 27 5.9% Cys (C) 5 1.1% Gln (Q) 18 3.9% Glu (E) 28 6.1% Gly (G) 37 8.1% His (H) 16 3.5% Ile (I) 16 3.5% Leu (L) 42 9.2% 2270 3531 645 686 10Estimated half-life: 2270 3531 645 686 10 Estimated half-life: 半衰期 The N-terminal of the sequence considered is M (Met). The estimated half-life is: 30 hours (mammalian reticulocytes, in vitro). >20 hours (yeast, in vivo). >10 hours (Escherichia coli, in vivo). Lys (K) 32 7.0% Met (M) 5 1.1% Phe (F) 17 3.7% Pro (P) 16 3.5% Ser (S) 46 10.1% Thr (T) 21 4.6% Trp (W) 8 1.8% Tyr (Y) 19 4.2% Val (V) 30 6.6% Pyl (O) 0 0.0% Sec (U) 0 0.0% (B) 0 0.0% (Z) 0 0.0% (X) 0 0.0% 正/负电荷残基数 Total number of negatively charged residues (Asp + Glu): 55 Total number of positively charged residues (Arg + Lys): 60 Atomic composition: 原子组成 Carbon C 2270 Hydrogen H 3531 Nitrogen N 645 Oxygen O 686 Sulfur S 10 Formula: C H N O S 分子式 Total number of atoms: 7142 Extinction coefficients: Extinction coefficients are in units of 总原子数 消光系数 M-1 cm-1, at 280 nm measured in water. Ext. coefficient 72560 Abs 0.1% (=1 g/l) 1.418, assuming all pairs of Cys residues form cystines Ext. coefficient 72310 Abs 0.1% (=1 g/l