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山羊miR—27a靶基因预测及生物信息学分析作者:陶虎 索效军 李晓峰 熊琪 张年 杨前平 刘洋 陈明新来源:《江苏农业科学》2016年第10期
doi:10.15889/j.issn.1002-1302.2016.10.016
摘要:繁殖力是决定羊养殖产业效益最重要的因素,卵泡的生长发育决定了排卵数,进而直接影响母羊的繁殖力。miRNA是由内源性基因编码的单链非编码RNA,参与靶基因的转录后调控。本研究通过对山羊miR-27a的靶基因进行预测及功能分析,为进一步研究其在山羊繁殖功能中的作用提供新途径。利用靶基因预测软件分析miR-27a的靶基因,将靶基因进行GO富集分析及KEGG信号通路分析。结果表明,预测靶基因集合分别富集在细胞增殖、转录调控、调控RNA代谢、正调控信号传导等分子功能上以及ErbB、MAPK、mTOR等信号通路中。
关键词:山羊;miR-27a;靶基因;信号通路;GO分析
中图分类号: S827.2文献标志码: A文章编号:1002-1302(2016)10-0073-03
收稿日期:2016-04-08
基金项目:国家自然科学基金(编号;湖北省农业科学院青年科学基金(编号:2015NKYJJ14);湖北省農业科学院竞争性计划(编号:2016jzxjh030)。
作者简介:陶虎(1986—),男,安徽合肥人,博士,助理研究员,主要从事草食家畜分子育种研究。Tel:(027E-mail:taohu1986@。
通信作者:陈明新,研究员,主要从事草食家畜育种研究。E-mail:316824556@。我国是养羊大国,羊养殖产业在畜牧业中占有重要地位。繁殖和生长是决定规模化养殖产出的两大主要经济性状。在山羊中,母羊繁殖效益在总效益中占据较大比例,因此繁殖力是决定羊养殖产业效益最重要的因素之一。排卵率是产仔数性状的重要组分性状,卵巢中卵泡的生长发育决定了排卵数[1]。探索卵巢中的基因表达情况、发育规律、调控因素,对于揭示排卵率的遗传调控机制具有重要意义。
microRNA(miRNA)是由内源性基因编码的单链非编码RNA,长度一般为21~25个核苷酸(nucleotide,nt),通过与靶基因mRNA的3′-UTR互补配对来调控其转录后表达水平[2]。已有研究表明,miR-21、miR-212、miR-132在小鼠颗粒细胞中呈显著的上调表达,且当miR-21表达量降低时会导致颗粒细胞凋亡[3]。在小鼠颗粒细胞中筛选出多个受TGF-β1信号调控的miRNA,其中miR-224可靶向作用于Smad4基因来调控颗粒细胞的增殖[4]。前体miRNA发夹结构经Dicer加工形成成熟的miRNA[5]。Dicer1-/-雌鼠的卵母细胞中纺锤体发生异常,导致其不能完成第1次减数分裂[6-7]。对于颗粒细胞而言,miRNA是一类发挥重要调控作用的小分子调控物。miR-27a是miR-27家族的重要成员,该家族是 miRNA 中功能较为明显的家族之一。众多研究表明,miR-27a在疾病尤其在肿瘤中发挥重要作用,而在生殖领域鲜见报道。研究miR-27a及其靶基因转录调控,对进一步揭示miRNA对山羊母性繁殖的调控作用具有重要意义。
1材料与方法
1.1获取miRNA
从miRNA信息公共数据库miRBase(http:///)中获取不同物种的miR-27a前体序列和成熟序列。
1.2同源性比对
利用miR-27a的前体序列,比较前体序列在不同物种间的保守程度。利用Clustal X软件进行序列比对,运用Clustal Omega(http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/)···试读结束
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