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小RNA测序的一些可选的生物信息分析内容 一、Small RNA深度测序分析 ????????分子RNA（Small RNA）是生命活动的一类重要调控因子，长约10～40nt，广泛存在于从低等的病毒、线虫、植物到高等的动物机体中。主要包括微RNA(miRNA)、小干扰RNA（siRNA）、与piwi相互作用的RNA（piRNA）三类，它们通过包括mRNA降解、翻译抑制、异染色质形成等多种途径，在生物体基因表达调控、生物个体发育、代谢及疾病的发生等过程中发挥着重要作用。????????Small RNA结合Illumina HiSeq2500/MiSeq新一代测序平台，一次性可获得数百万条sRNA序列，通过生物信息方法，可以在全基因组水平快速鉴定和预测各种类型的Small RNA，得到其可能调控的基因的功能，为Small RNA功能及其对基因调控机制的研究提供了有力工具。????????目前，提供1×50bp读长，HiSeq2500、MiSeq两种测序平台的Small RNA测序和信息分析服务。 技术优势 ????????精确度高：可以检测出sRNA单个碱基的差异；????????灵敏度高：可以检测出组织中几个到几万个拷贝的sRNA；????????价格低廉：一次可产出上百万条序列；????????样品起始量低：使用NEB原装small RNA建库试剂盒及配套试剂，样品起始量低至3ug；????????既可以鉴定已知的sRNA，又能够发现新的sRNA。 生物信息分析内容 ????????标准信息分析内容及流程： 图1??Small RNA标准生物信息分析流程图 ????????此外，Small RNA还有如下可选分析内容： ????????更多定制化分析内容，可以根据您的科研需求量身定制。 项目流程 ????????诺禾致源严格的样品检测流程，规范化的建库操作，高稳定的测序平台为您的项目获得高质量的数据提供了有力的保证。HiSeq 2000项目周期45天，MiSeq测序项目周期14天。 图2??HiSeq/MiSeq Small RNA项目流程图 建库测序流程 ????????诺禾致源使用NEB针对Illumina测序平台研发的Small RNA建库试剂盒（NEB Multiplex Small RNA Library Prep Set for Illumina）及配套的原装进口试剂，只需切胶一次，避免了反复切胶造成的Small RNA信息丢失，大大减少了所需的样品量。 图3??Small RNA建库流程图? 二、mRNA与microRNA联合分析 ????????microRNA对靶基因的表达具有负调控作用。mRNA与microRNA联合分析是基于将成对样品分别进行Small RNA，转录组或数字基因表达谱（DGE）测序后，在标准信息分析基础上，对差异microRNA及其对应靶基因进行联合分析。利用两者数据贯穿分析，可有效提升数据利用率，提高Small RNA 靶基因预测准确性，结合差异表达microRNA和差异表达mRNA的互作关系，能够得到多个microRNA与多个基因的调控关系网络。????????microRNA与mRNA关联分析，可以广泛的应用于动植物的生长发育、基因调控机理、代谢及疾病的发生等领域。 技术优势 ????????数据利用率高：有效提升数据利用率，充分挖掘mRNA和Small RNA的数据信息；????????无需二次测序：可直接利用mRNA和Small RNA的数据进行关联分析；????????优质技术服务：针对客户研究物种和目的，提供方案设计。 联合分析内容 案例解析 案例一??心脏结构特异转录组数据表明miRNA-mRNA之间存在保守的相互作用（Vacchi-Suzzi C, et al. 2013）研究背景????????miRNA在基因表达的转录后水平调控中发挥重要作用，对心脏发育及心血管疾病的产生有重要影响。研究方法????????本研究对鼠、比格猎犬和食蟹猴三个物种心脏的8个不同组织分别进行小分子RNA测序，通过表达水平上的负相关性和靶基因预测找出与心脏功能相关的miRNA-mRNA之间的互作关系。研究结果 1、在三个物种中的心脏瓣膜和心肌中各鉴定出了9个和7个保守miRNA被富集。用原位杂交的方法也同时验证了心肌中富集的miR-1和心脏瓣膜富集的miR-125b-5p和miR-204的组织特异性富集。2、通过表达水平上的负相关性和靶基因预测的方法鉴定出miR-1/Timp3、miR-125b/Rbm24、miR-204/Tgfbr2和miR-208b/Csnk2a2之间的miRNA/mRNA互作关系（图1），miRNA与其靶基因呈负相关。3、通过