2021年Arlequin的使用说明.pdf

精品 pdf资料 欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - Arlequin3.1 的使用说明 Arlequin 功能的概述 Molecular diversity—分子多态性 Mismatch distribution—错配分布 Haplotype frequency estimation—单倍型频率估计 Linkage disequilibrium —连锁不平衡： 检测不同位点上等位基因的非随机关联 Hardy-Weinberg equilibrium—哈温—伯格平衡 Tajima’s neutrality test—Tajima 中性检测 Fu’ s neutrality test— Fu 中性检测 Ewens-watterson neutrality test—Ewens-watterson中性检测 以上三个中性检测都是基于无限位点模型，适用于 DNA sequence和 RFLP 单倍 型。 Chakraboety’s amalgamation test—Chakraboety’s 融合检测，检测人群的均一性 和同质性，和中性选择等。 Minimu Spanning Network(MSN ，最小扩张树或称之为最小支撑树， 给予分子 差异。 AMOV A —分子差异度分析，用以评测人群的遗传结构 Parwise genetic distances—遗传距离的估计 Exact test of population differentiation—检测随机交配群体单倍型的非随机分 布 Assignment test of genotype—通过估计等位基因平率将单个基因型分被盗特 定的人群中。 Arlequin3.1 分析的数据文件的格式必须是以 *arq 为扩增名 方法：用 Clustalx 比对后保存一个 PHY 格式的文件，在 DNAsp 中打开该文件， 点击 Generate中的 Haplotype date file ，设置 considered，其余的参数不变， 在其 中的 Generate中选其中的 Arlequin Haplotype List 即可保存下用 Arlequin3.1 分析 的文件的格式 （在 import date 中可以进行文件格式的转换， Arlequin 的数据转化 为 Arlequin 、Genepop、Biosys、phylip 、Mega、WinAmova ） 学习资料 精品 第 1 页，共 25 页 - - - - - - - - - - - - -