GEO芯片筛选非小细胞肺癌差异表达基因及与预后的关系.doc

GEO芯片筛选非小细胞肺癌差异表达基因及与预后的关系 材料与方法 1.1 材料来源 登录GEO芯片数据库（http：///analysis/）数据库。 2 结 果 2.1 芯片数据 经生物信息学筛选，共得到7个有表达差异的基因。见图1，表1。 2.2 表达差异验证 待筛选出关键基因后，我们利用UALCAN在TCGA数据库中再次进行验证。最终，RTKN2 基因、SPOCK2 基因、RASIP1 基因和ADCY4基因在肺鳞癌、肺腺癌中同对照组相比均存在表达差异（Plt;0.05）。见图2。 2.3 候选基因与非小细胞肺癌预后关系 在Kaplan-Meier Plotter数据库，通过生物信息学分析发现在4个关键基因中，RTKN2基因、SPOCK2基因和RASIP1基因与非小细胞肺癌预后无关（Pgt;0.05），ADCY4基因与非小细胞肺癌预后呈正相关（Plt;0.01）。见图3。 3 讨 论 GEO数据库属于美国国立卫生研究院的生物技术信息中心，是当前最大、最全面的一个公共基因表达数据库，这为肿瘤的分子水平研究提供了新的平台。本研究基于GEO中的非小细胞肺癌基因表达芯片数据，采用生物信息学进行非小细胞肺癌相关基因筛选。共获得7个差异表达基因，随后对尚未见与非小细胞肺癌關系的文献报道的4个基因（RTKN2、SPOCK2、RASIP1和ADCY4）进行分析。我们的研究结果表明，RTKN2、SPOCK2、RASIP1 和ADCY4基因在肿瘤组织和正常组织中表达存在明显差异，重要的是ADCY4基因表达还和非小细胞肺癌的生存有关。 目前，已有文献报道RTKN2基因和部分肿瘤之间的关系。在HCC细胞、HepG2细胞和BEL 7404细胞中的RTKN2受到RNAi干扰导致明显抑制细胞增殖和细胞周期进展。RTKN2沉默显著降低细胞周期相关蛋白、增殖细胞核抗原和细胞周期蛋白依赖性激酶1水平。此外，还发现HCC细胞中RTKN2下调显著诱导细胞凋亡，同时显著抑制细胞侵袭。这表明RTKN2可以作为癌基因，抑制RTKN2可能作为原发性肝癌靶向治疗的一种新策略[6]。检测发现膀胱癌组织中RTKN2表达水平明显高于正常膀胱组织。沉默RTKN2可抑制细胞增殖，阻滞细胞周期。此外，RTKN2基因敲除导致细胞凋亡，抑制细胞侵袭。这些结果提示RTKN2参与了膀胱癌的发生和发展[7]。在卵巢癌中，miR-181与RTKN2表达也有相关性，上调miR-181可抑制RTKN2表达[8]。在SW480和HCT116细胞中，RTKN2蛋白表达水平显著高于HEC细胞。敲除RTKN2可抑制细胞增殖和细胞周期进程，降低PCDA、CyclinD1和c-Myc细胞周期相关蛋白的表达水平。RTKN2沉默抑制wnt/β-catenin信号通路对结肠癌细胞增殖的抑制作用。这些结果表明RTKN2参与了肿瘤的发生[9]。在子宫内膜癌中，癌组织中SPOCK2蛋白的表达明显低于正常子宫内膜组织，SPOCK2蛋白的缺乏与远处转移和肌层浸润有关。HEC-1A和ishikawa细胞中SPOCK2上调抑制细胞的增殖、侵袭、黏附和凋亡。SPOCK2上调可抑制MT1-MMP和MMP2的表达及MMP2活化。数据表明SPOCK2通过调节癌细胞的生物学行为参与其进展，这部分是通过调节MT1-MMP和MMP2的蛋白表达和激活MMP2发挥作用[10]。与良性前列腺增生相比，前列腺癌组织中SPOCK2基因mRNA水平显著降低。SPOCK2的上调抑制了Du145细胞和LNCaP细胞的侵袭和迁移，抑制MT1-MMP和MMP2的表达，抑制Du145和LNCaP细胞的MMP2活化[11]。然而，关于ADCY4基因与肿瘤的相关性研究罕见。通过PPI网络构建结果表明，在肝癌中的KDR、VEGFC、FLT1、CDH5和ADCY4可能成为EDNRB相关基因的核心基因[12]。当前，我们发现ADCY4和NSCLC预后有关。该基因在肿瘤组织中呈高低表达，低表达比高表达预后更差。获得这个新基因将对非小细胞肺癌病理机制研究有重要意义。 本研究利用GEO芯片数据库和Kaplan-Meier Plotters数据库探讨了RTKN2、SPOCK2、RASIP1和ADCY4基因在NSCLC中的表达和预后情况，通过再分析获得ADCY4和NSCLC可能存在关系，此基础将为ADCY4在NSCLC发生发展中的作用机制提供依据，也可为利用GEO数据库挖掘肿瘤基因学数据提供参考。 参 考 文 献 [1]杨林，赵晓红，杨云梅.非小细胞肺癌治疗的新进展[J].中华危重症医学杂志（电子版），2017，10（6）：416-420. [2]尹海鹰，覃后继.肺癌放化疗患者出院后延续性护理研究进展[J].右江医学，2017，45（1）：101-104. [3]陈颖，