多重等位基因特异性扩增——微流控芯片电泳法同时测定多个-生物通.PDF

HEREDITAS (Beijing) 2009 2 , 31(2): 219―224 ISSN 0253-9772 技术与方法 DOI: 10.3724/SP.J.1005.2009.00219 多重等位基因特异性扩增——微流控芯片电泳法同时 测定多个单核苷酸多态性位点 1, 2 1, 3 汪维鹏 , 周国华 1. , 210002; 2. , 215123; 3. , 210093 文章以微流控芯片电泳为检测平台, 建立了一种基于 DNA 适配器连接介导的多重等位基因特异性扩增 同时测定多个单核苷酸多态性(SNP)位点的方法。以白细胞介素 1β(IL1B)基因中的 7 个 SNP 位点(794CT 、 1274CT、2143TC 、2766Tdel 、3298GA 、5200GA 和5277CT)为检测对象, 通过PCR 预扩增得一段含该 7 个待测SNP 位点的长片段; 用限制性内切酶Mbo 将其消化成短片段, 再与DNA 适配器(adapter)相连; 以连 接产物为模板, 在两管中分别用7 条等位基因特异性引物和一条公用引物进行7 重等位基因特异性扩增; 最后 用微流控芯片电泳法分离等位基因特异性扩增产物, 根据两管扩增产物的芯片电泳图谱中扩增片段的大小判 断SNP 的类型。采用本法成功测定了48 名健康中国人的IL1B 基因上的7 个SNP 位点, 与聚合酶链反应- 限制 性片段长度多态性法(PCR-RFLP)和测序法测定结果完全一致。本法结果准确, 可用于同时测定多个SNP 位点; 以微流控芯片电泳作为检测平台, 分析速度快, 样品需要量少; 借助于自制筛分凝胶和重复使用芯片, 使得 SNP 分析成本大大降低。 单核苷酸多态性; 等位基因特异性扩增; 微流控芯片电泳; 白细胞介素1β基因 Microchip electrophoresis coupled with multiplex allele-specific amplification for typing multiple single nucleotide polymorphisms (SNPs) simultaneously WANG Wei-Peng1,2, ZHOU Guo-Hua 1,3 1. Huadong Research Institute for Medicine and Biotechnology, Nanjing 210002, China; 2. School of Pharmacy, Soochow University, Suzhou 215123, China; 3. Medical School, Nanjing University, Nanjing 210093, China Abstract: A new method of DNA adapter ligation-mediated allele-specific amplification (ALM-ASA) was developed for typing multiple single nucleotide polymorphisms (SNPs) on the platform of microchip electrophoresis. Using seven SNPs of 794CT, 1274CT, 2143TC, 2766Tdel, 3298GA, 5200GA, and 5277CT in the interleukin 1B (IL1B) gene as a target object, a long DNA fragment containing the seven SNPs of interest was pre-amplified to enhan