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华中农业大学生物信息学讲义.pdf
生物信息学 2005
生物信息学
王石平
(华中农业大学生命科学技术学院)
2005.2.23
04/bio-informatics.files/bio-infor.htm
www.bio.cam.ac.uk/Embnetut/Gcg/index.htm
一、数据库
1.核苷酸数据库 一般与 Accession NO.相同
10 位数:早期 (
GenBank 、EMBL 、DDBJ (在使用方法和连接的数据库上有差异,但数据量相同。)
8 位数:现今
注:氨基酸序列是非试验来源,为推倒的结果。使用时要谨慎!!!!) 6 位型:属+种+X12345
(1)GenBank(NCBI)数据解释。 / 8 位型:与AC 相同
每条序列的 3 种编号 物种类型
(identifier)
1.位点名 (基本无意义)
定义(描述)
2.注册号
6 位 (X12345 ) 或 8 位 数 字
版本 X.Y
(XY123456);例外:自编号 (一般
3.Geninfor
为基因组序列)
identif ier(GI号)
注:
NID(Nucleotide ID)
1999.12 取消,改用 GI 号。
序列的数据可以更改,GI 号、
NID 号变化,但 AC 号不变。
最后一条 Reference 为序列提交
者的文章。可以知道这一基因的
研究历史,便于研究。
Coding sequence
谨慎使用!!!!
注:Display 中选 FASTA 形式,显示原始的核苷酸数据,便于复制。
- 1 -
生物信息学 2005
(2)dbEST
EST 来源于 mRNA
-基因片度(300-400bp,数据长度足以分析编码的产物)或者全基因(已知)
-5’端或 3’端的 cDNA 序列
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