基因定位与基因克隆.ppt

Chromosome 3 nucleotide position70789414 Chromosome 18 nucleotide position72547018 der chromosome 3 Chromosome 18 nucleotide position72547012 Chromosome 3 nucleotide position 70789410 der chromosome 18 Chr18(+) TGTTGACCACATCAGCCTCGAAGAGCTTCCCTAGGAAAGCTGT Der18(+) TGTTGACCACATCAGCCT TTGATTCTTTTGTACAAATG Der3 ( - ) CCAAGGCATTCTTGGGTT GAGCTTCCCTAGGAAAGCTGT Chr3 ( - ) CCAAGGCATTCTTGGGTTGATACTTTGATTCTTTTGTACAAATG 3号染色体缺失2～6个碱基； 18号染色体缺失4～8个碱基 ZNF407基因是锌指蛋白基因家族的一员，编码的锌指蛋白通过与DNA、RNA的特异性结合，在转录和翻译的水平上调节基因的表达。 在已报道的智力低下相关基因中，有6个编码锌指蛋白的基因。 其中已确定的有ZNF81、 ZNF592、ZNF674 ， 有待确定的有ZNF741 、ZNF462、ZNF261。 根据确定新候选致病基因的原则，我们将ZNF407基因确定为智力低下的新候选致病基因。 为了确定ZNF407基因与ID的关系，我们挑选105例与智力低下伴新发t(3;18)(p13;q22.3)易位病例具有相似临床症状的不明原因的智力低下患者，进行外显子、外显子-内含子接头区以及5’UTR区、3’UTR区PCR扩增和测序分析。 200例年龄、性别相匹配正常人为对照组。 通过与数据库中数据进行比对，发现了两个新的保守氨基酸位点错义突变c.1436A>G (Y460C ) ,酪氨酸被半胱氨酸替代；c.3640C>G (P1195A),脯氨酸被丙氨酸替代。 200例正常对照及突变患者双亲未发现ZNF407基因的错义突变。 保守性分析 460位点高度保守，1195位点中度保守，在Gallus由P变为A。 c.1436A>G p.Tyr460Cys c.3640C>G p.Pro 1195Ala Homo sapiens Bos Taurus Mus musculus Canis lupus familiaris Equus caballus Gallus gallus Monodelphis Nomascus leucogenys Sus scrofa Homo sapiens Bos Taurus Mus musculus Canis lupus familiaris Equus caballus Gallus gallus Monodelphis Nomascus leucogenys Sus scrofa 经PloyPhen与PloyPhen-2的预测这两个突变为有害突变。 JPRED3对蛋白质二级结构的预测发现这两个位点的突变对该段多肽链所形成的扩展链(E)，α螺旋(H)的数量及分布一定的影响。 这两个点突变均导致了锌指蛋白指样结构间连接区氨基酸的改变，而连接区对于锌指蛋白结构的完整性及粘合性(binding properties)至关重要。 谢谢！ SPG-6家系两点连锁分析LOD值结果 LOD SCORE θ= Marker 0.0 0.01 0.05 0.1 0.2 0.3 0.4 1. D15S1021 4.55 4.51 4.27 3.89 2.96 1.89 0.74 2. D15S128 2.92 2.87 2.67 2.41 1.83 1.20 0.55 3. D15S646 2.48 2.45 2.32 2.13 1.69 1.19 0.63 4. D15S210 4.55 4.51 4.27 3.89 2.96 1.89 0.74 5. D15S122 4.34 4.32