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DownloadedfromonDecember31,2013-PublishedbyColdSpringHarborLaboratoryPress
Identificationofexpressedandconservedhuman
noncodingRNAs
MORTENMUHLIGNIELSEN,1,4DISATEHLER,2SØRENVANG,1FREKSUDZINA,1,3JAKOBHEDEGAARD,1
IVERNORDENTOFT,1TORBENFALCKØRNTOFT,1ANDERSH.LUND,2andJAKOBSKOUPEDERSEN1,4
1DepartmentofMolecularMedicine(MOMA),AarhusUniversityHospital,Skejby,DK8200AarhusN,Denmark
2BiotechResearchandInnovationCentre,UniversityofCopenhagen,DK2200Copenhagen,Denmark
Thepastdecadehasshownmliangenomestobepervasivelytranscribedandidentifiedthousandsofnoncoding(nc)
transcripts.Itiscurrentlyuncleartowhatextentthesetranscriptsareoffunctionalimportance,aperimentalfunctional
evidenceexistsforonlyasmallfraction.Here,wecharacterizetheexpressionandevolutionaryconservationpropertiesof
12,115knownandnovelnctranscripts,ludingstructuralRNAs,longncRNAs(lncRNAs),enseRNAs,EvoFold
predictions,ultraconservedelements,andexpressedncregions.Expressionlevelsareevaluatedacross12humsuesusing
acustom-designedmicroarray,supplementedwithRNAseq.Conservationlevelsareevaluatedatboththebaselevelandat
thesynteniclevel.Wecombhesemeasureswitheicmarkannotationstoidentifysubsetsofnovelnctranscripts
thatshowcharacteristicssimilartoknownfunctionalncRNAs.Fewnovelnctranscriptsshowbothhighexpressionand
conservationlevels.However,overall,weobserveapositivecorrelationbetweenexpressionandbothconservationand
eicannotations,suggestingthatasubsetoftheexpressedtranscriptsareun
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