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GDCDataTransferTool
TheGDCDataPortalisarobustdata-drivenplatformthatallowsuserstosearchanddownloadcancerdatasetsforanalysisusingmodernwebtechnologies.KeyGDCDataPortalfeaturesinclude:? Databrowsingbyproject,file,case,orannotation? Visualizationallowinguserstoperformfine-grainedfilteringofsearchresults? Datasearchusingadvancedsmartsearchtechnology? Dataselectionintoapersonalizedcart? DatadownloaddirectlyfromthecartorfromGDCDataTransferToolusingamanifest
TheGDCDataTransferTool:AnOverviewRawsequencedata,storedasBAMfiles,makesupthebulkofdatastoredattheNCIGenomicDataCommons(GDC).Thesizeofasinglefilecanvarygreatly.MostBAMfilesstoredintheGDCareinthe50MB-40GBsizerange,withsomeofthewholegenomeBAMfilesreachingsizesof200-300GB.TheGDCDataTransferToolprovidesanoptimizedmethodoftransferringdatatoandfromtheGDC,andenablesresumptionofinterruptedtransfers
GDCDataTransferToolThesystemrecommendationsforusingtheGDCDataTransferToolareasfollows:? OS:Linux(Ubuntu14.xorlater),OSX(10.9Mavericksorlater),orWindows(7orlater)? CPU:Atleasteight64-bitcores,IntelorAMD? RAM:Atleast8GiB? Storage:Enterprise-classstoragesystemcapableofatleast1Gb/s(gigabitpersecond)writethroughputandsufficientfreespaceforBAMfiles.
AccessingBuilt-inHelp:./gdc-clientusage:gdc-client[-h][--version]{download,upload,interactive}...gdc-client:error:toofewarguments./gdc-clientdownload–help./gdc-clientupload–help
PreparingforDataDownloadandUploadTheGDCDataTransferToolisintendedtobeusedinconjunctionwiththeGDCDataPortaltotransferdatatoorfromGDC.First,theGDCDataPortal’sinterfaceisusedtogenerateamanifestfileorobtainUUID(s)and(forcontrolleddata)anauthenticationtoken.TheGDCDataTransferToolisthenusedtotransferthedatafileslistedinthe
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