PLMSearch：蛋白质语言模型支持精确快速的远程同源序列搜索.docx

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2024-04-24 发布于山西
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PLMSearch：蛋白质语言模型支持精确快速的远程同源序列搜索

作者提出了仅以序列为输入的同源蛋白质搜索方法PLMSearch（蛋白质语言模型）。

PLMSearch使用预先训练好的蛋白质语言模型的深度表征，并使用大量真实结构相似性来训练相似性预测模型。这使得PLMSearch能够捕捉到隐藏在序列背后的远程同源信息。大量实验结果表明，PLMSearch可以像MMseqs2一样在数秒内搜索数百万个查询-目标蛋白质对，同时将灵敏度提高三倍以上，与最先进的结构搜索方法不相上下。特别是，与传统的序列搜索方法不同，PLMSearch可以调用序列不同但结构相似

的大多数远端同源对。

1背景