BRIG(BLAST-Ring-Image-Generator)-软件中文说明.pdfVIP

BRIG（BLASTRingImageGenerator）软件中文说明

BRIG使用BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool）进行基因组的比对分析并使用CGView进行

图像的生成。

1、首先安装Java和BLAST/BLAST+，解压BRIG安装包，双击BRIG.jar，运行BRIG。

（1）通过Preferences>BRIGoptions，设置blast+软件路径，如下：

（2）载入示例文件

选择载入参考基因组，设置输入文件夹和输出文件夹，单击Addtodatapool将输入文件夹中的序列

添加到BRIGdatapool，单击next。

（3）设置每一圈信息

Addnewring添加圈，选中datapool中的数据，单击Adddata，添加选中的序列。设置完成后单击

next。一般设置如下：

Ring1GC_Skew

Ring2GCcontent

Ring3refgene.fna

Ring4genome1.fna

Ring5genome2.fna

…………

（4）提交任务

选择图片输出格式：jpg、png、svg、svgz，单击submit，提交比对任务并输出图片。

（5）最终输出结果

2、看着上面的图是不是感觉缺少点什么？是的，缺少注释信息。当序列添加完成后，通过Add

customfeature按钮，进入基因注释信息编辑栏。

注释信息的添加有四种方式，单击Inputdata下拉栏显示：Singleentry（即编辑单个基因）、Tab-

delimited（导入xls文件）、Genbank（添加gbk文件）、Embl（添加embl文件）。

（1）通过xls文件导入自己感兴趣的基因。

注释信息文件（list.xls）整理如下，共三列：strat、end、label，注意表头一定要添加#，基因起点

（start）位置必须小于终止（end）位置。可将正链、负链基因整理成两个list，注释信息可添加成两

圈。Inputdata选择“Tab-delimited”，上传list文件，同时可通过colour对不同基因进行颜色设置。

提交任务后，结果展示如下：

（2）通过gbk文件导入注释信息

Inputdata选择”Ganbank”，Featurename设置为”CDS”，通过Browse载入gbk文件。

结果展示：

3、注释信息添加完成了，如果我们想知道这段序列的reads覆盖度该如何去做呢？别着急，BRIG中

也可导入sam文件，从而显示序列的reads覆盖度信息。

（1）创建覆盖度表格文件

通过Modules>Creategraphfiles，通过下拉菜单选择Coveragegraph（支持sam、ace格式文件），

选择sam文件，输出文件目录，设置窗口大小为1，单击“CreateGraph”完成创建。

（2）设置参考基因组

选择并设置号参考基因组，同时在datapool中显示我们创建成功的sam.graph文件，单击next。

（4）添加比较基因组圈图信息

创建4个ring，分别命名为MappingCoverage、pSK57、SAP014A、CDS。ring1添加数据

Mu50.sam.graph，graphmaximumvalue设置为10；ring2、ring3分别添加pSK57、SAP014A数据，设

置完成后点击next并提交。

结果展示：