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ReferencePages-bwa(1)
NAME
bwa-Burrows-WheelerAlignmentTool
CONTENTS
Synopsis
Description
CommandsAndOptions
SamAlignmentFormat
NotesOnShort-readAlignment
AlignmentAccuracy
EstimatingInsertSizeDistribution
MemoryRequirement
Speed
NotesOnLong-readAlignment
SeeAlso
Author
LicenseAndCitation
History
SYNOPSIS
bwaindex-abwtswdatabase.fasta
bwaalndatabase.fastashort_read.fastq>aln_sa.sai
bwasamsedatabase.fastaaln_sa.saishort_read.fastq>aln.sam
bwasampedatabase.fastaaln_sa1.saialn_sa2.sairead1.fqread2.fq>aln.sam
bwabwaswdatabase.fastalong_read.fastq>aln.sam
DESCRIPTION
BWAisafastlight-weightedtoolthatalignsrelativelyshortsequences(queries)toasequence
database(targe),suchasthehumanreferencegenome.Itimplementstwodifferentalgorithms,both
basedonBurrows-WheelerTransform(BWT).Thefirstalgorithmisdesignedforshortqueriesupto
~200bpwithlowerrorrate(<3%).Itdoesgappedglobalalignmentw.r.t.queries,supports
paired-endreads,andisoneofthefastestshortreadalignmentalgorithmstodatewhilealso
visitingsuboptimalhits.Thesecondalgorithm,BWA-SW,isdesignedforlongreadswithmore
errors.ItperformsheuristicSmith-Waterman-likealignmenttofindhigh-scoringlocalhits(and
thuschimera).Onlow-errorshortqueries,BWA-SWisslowerandlessaccuratethanthefirst
algorithm,butonlongqueries,itis
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