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生物软件及数据库复习题

一、名词解释

1.Primarydatabases:初级数据库,数据库中的数据直接来源于实验获得的原始数据，只经

过简单的归类整理和注释.

2.SecondaryDatabases:二级数据库,对原始生物分子数据进行整理、分类的结果，是在

一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定的应用目标而建立的。

3.结构数据库：在结构数据库中记录的数据是实用化的实验数据。它既不同于直接由仪器

获得的原始数据，也并非原始数据的简单数学转换。每一个结构数据库记录都内含着随结构

预测技术的进步而不断变化的假设和偏好。

4.Similarity:相似性，指序列比对过程中用来描述检测序列和目标序列之间相同DNA碱

基或氨基酸残基顺序所占比例的高低。

5.Homology:同源性，指一些数据中推断出的两个基因在进化上曾具有共同祖先的结论。

6.Identity:同一性，两个序列之间完全相同的匹配残疾数目。

7.Localalignment:局部比对，1981年，由F.Smith和M.Waterman首次提出局部比对

算法，动态规划方法通过较少的改动便可以用来识别匹配的子序列，并且忽略匹配区域之

前或之后的失配和空位

8.Globlealignment:全局比对，是指将参与比对的两条序列里面的所有字符进行比对。

9.Pairewisealignment：双序列比对，是指通过一定算法对2个DNA或蛋白质序列进行

比较，找出两者之间最大相似性匹配。

10.Multiplealignment:多重序列比对，是对三個以上的序列，如蛋白質序列、DNA序

列或RNA序列所作的序列比對。

11.ConsensusTree:

12.Synonymousmutation:同义突变:突变的密码子仍然指令同一氨基酸，因而同义突变

是沉默突变。

13.Non-synonymousmutation:非同义突变:这类突变可改变密码子的含义，指令一个

不同的氨基酸。非同义突变又称错义突变。

14.dN/dS:异意替换（Ka）和同意替换（Ks）之间的比例，这个比例可以判断是否有选择

压力作用于这个蛋白质编码基因。

15.negative(purifying)selection:净化选择，是指物种在长期进化过程中将一些“无用”

的基因删除掉，以求基因的“干净”，以免基因冗沉。

16.positiveselection:正向选择,是指将因含有有利突变而提高个体适合度的等位基因固

定下来的选择作用。

17.蛋白质一级结构:是指多肽链的氨基酸残基的排列顺序，也是蛋白质最基本的结构。

18.蛋白质二级结构:是指多肽链借助于氢键沿一维方向排列成具有周期性的结构的构

象，是多肽链局部的空间结构，是构成蛋白质结构的要素。

19.蛋白质三级结构:是指整条多肽链由二级结构元件构建的总三维结构，包括一级结构相

距远的肽段之间的几何相互关系，骨架和侧链在内的所有原子的空间排列。

20.蛋白质四级结构:是指亚基和亚基之间通过疏水作用等次级键结合成为有序排列的特

定的空间结构。

21.Hydrophobic:疏水性指的是一个分子（疏水物）与水互相排斥的物理性质。

22.Hydrophilic:亲水性指分子能够透过氢键和水分子形成短暂键结的物理性质。

23.sequencelogos:

24.Phylogenetictree:系统发生树，是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树。

是一种亲缘分支分类方法。在树中，每个节点代表其各分支的最近共同祖先，而节点闲的线

段长度对应演化距离（如估计的演化时间）。

25.N50:

26.K-mer:

27.序列覆盖度:

28.物理覆盖度:

29.Contig:叠连群：可以组装成线性序列的一组克隆。

30.Scaffold:支架一组已锚定在染色体上的重叠群,内部含间隙或不含间隙.

31.基因组注释:

32.GO:（GeneOntology）是用一套具有动态形式的控制字汇来解释真核生物的基因或蛋

白质在细胞内所扮演的角色及生物医学方面的知识，同时这些字汇随着生命科学研究的进

步，一直不断的积累与改变。

33.EST:表达序列标签（expressedsequencetag）是从一个随机选择的cDNA克隆进行

5’端和3’端单一次测序获得的短的cDNA部分序列，代表一个完整基因的一小部分，在

数据库中其长度一般从20到7000bp不等，平均长度为400bp。

34.GSS:基因组勘测序列