生信第三次作业答案.docx

在基因重组人胰岛素面市之前，糖尿病患者所需胰岛素主要来自屠宰场的动物胰脏。请分析来源自猪、牛和羊的胰岛素哪一种最适于人使用，说明理由。四种蛋白的注册号分别是AAA59172（人）, AAQ00954（猪），AAA30722（牛）和P01318（羊）。 在NCBI中查询这几条序列并下载： 将序列导入MEGA，选择 点击载入fasta文件，或者 进行多序列比对， 点击得到多序列比对结果： 选择MEGA格式保存。 计算序列之间的距离： 载入刚刚保存的序列： Variance Estimation Method选择None，计算： 距离矩阵如下图所示，可以看出人和猪的距离最为相近。所以选择猪的胰岛素最为合理。 Keratin是一种微管蛋白，有type I 和 type II两种类型，在染色体上成簇分布，对上皮细胞的正常结构十分重要。请根据人类type II keratin 2p（CAD91891）对NCBI Protein Reference Sequences序列数据库的BLASTP检索结果（/Blast.cgi?CMD=GetRID=PCVJW993014），下载人基因组中E-value1e-200的匹配的RefSeq序列，按照Total Score的顺序由大到小重新命名（比如1-10）后进行分子进化分析。(1) 任选一种工具，进行多序列比对，并根据比对结果列出距离矩阵。（2）任选一种工具，构建分子进化树并对各分支的可靠性进行评估。 使用blastp获得序列，查询方式如下： 修改文件扩展名和序列名称（可以使用文本编辑器直接修改），和第一题步骤相同，导入fasta文件，比对蛋白： 将比对结果保存为mega格式。将mega格式文件导入，计算距离矩阵，步骤同第一题，结果如下： 选择Neighbor-joining Tree构建进化树： 结果如上图，可以看出，各个分支之间的可靠性都比较高，在90以上。