蛋白质组学-研究生用.ppt

新乡医学院生物化学与分子生物学教研室 主要内容 第一节 蛋白质组学的概念及发展史 第二节 蛋白质组学研究方法概述 第一节 蛋白质组学的概念及发展史 蛋白质组（proteome）是澳大利亚学者Williams和Wilkins于1994年首先提出，源于蛋白质（protein）与基因组（genome）两个词的杂合, 即“一个细胞或一个组织基因组所表达的全部蛋白质”。 对应于基因组的所有蛋白质构成的整体，不是局限于一个或几个蛋白质。 在不同细胞、不同组织中，同一基因组的表达情况各不相同 。 在空间和时间上动态变化着的整体。 蛋白质组学(proteomics) 指应用各种技术手段来研究蛋白质组的一门新兴科学，其目的是从整体的角度分析细胞内动态变化的蛋白质组成成份、表达水平与修饰状态，了解蛋白质之间的相互作用与联系，揭示蛋白质功能与细胞生命活动规律。 主要研究内容 蛋白质组表达模式的研究 ：了解不同状态下细胞与组织的蛋白质组分的变化 蛋白质组功能模式的研究 ：明确各种蛋白质分子之间如何相互作用； 功能蛋白质组学(functional proteomics) 功能蛋白质组：细胞在一定阶段或与某一生理现象相关的所有蛋白质。 介于对个别蛋白质的传统蛋白质化学研究和以全部蛋白质为研究对象的蛋白质组学之间。 从局部入手研究蛋白质组的各个功能亚群体。 将多个亚群体组合起来，逐步描绘出接近于生命细胞的“全部蛋白质”的蛋白质组图谱。 二、蛋白质组学的产生与发展 背 景 1997年召开了第一次国际“蛋白质组学”会议 1998年在美国旧金山召开了第二届国际蛋白质组学会议 1999年1月在英国伦敦举行了应用蛋白质组会议 我国也于1998年启动了蛋白质组学研究，在中科院上海生物化学研究所举办了两次全国性的蛋白质组学研讨会 。 2001年，中科院贺福初院士作为首席科学家，在全国范围内组织起一支研究队伍，提出了“人类重大疾病的蛋白质组学研究”973建议书并通过评审，并确立了9个相关课题组。 2003成立了中国人类蛋白质组组织（CHHUPO），并分别于2003年9月、2004年8月以及2005年8月召开了中国蛋白质组学首届、第二届及第三届学术大会，2004年10月在中国北京召开了第三届国际蛋白质组学会议。 2003年12月15日，国际人类蛋白质组计划(HPP)正式启动 。首先开始执行人类血浆蛋白质组计划(HPPP)和人类肝脏蛋白质组计划(HLPP)两大先导项目。其中人类肝脏蛋白质组计划总部设在北京，由中国担当领导国，由中国科学家领衔组织。领衔专家是中科院院士贺福初教授。 两谱三图三库 ：“两谱”即人类肝脏蛋白质组的表达谱和修饰谱，“三图”是指人类肝脏蛋白质组的定位图、连锁图和结构图，“三库”即为人类肝脏蛋白质组的样本库、抗体库和数据库。 北京蛋白质组研究中心在顶级刊物《分子与细胞蛋白质组学》同期刊发三篇论文 。（2009-3-17 ） 蛋白质组研究更为复杂和困难： 蛋白质数目大大超过基因数目。 蛋白质随时间和空间而变化。 一、蛋白质组表达模式的 研究方法 蛋白质组表达模式（expression profile）： 研究蛋白质组的组成成分 支撑技术主要有双向凝胶电泳、以质谱为代表的蛋白质鉴定技术及生物信息学分析。 （一）蛋白质组研究中的样品制备 通常可采用细胞或组织中的全蛋白质组分进行蛋白质组分析。 也可以进行样品预分级，即将细胞或组织中的全体蛋白质分成不同部分，分别进行研究。 样品预分级的主要方法 蛋白质溶解性：可溶性蛋白、非溶性蛋白等 蛋白质定位：膜蛋白、核蛋白等 蛋白质细胞器定位：线粒体、高尔基体、过氧化物酶体等 样品预分级主要作用在于提高低丰度蛋白质的上样量和检测灵敏度。 组织水平上的蛋白质组样品制备 临床样本都是各种细胞或组织混杂，而且状态不一，如肿瘤中癌变的上皮类细胞总是与血管、基质细胞等混杂。 激光捕获显微切割(laser capture microdissection，LCM) 利用激光直接在显微镜下从组织切片中精确分离特定的细胞或细胞群，从根本上解决了细胞异质性问题 。 （二）蛋白质组研究中的样品分离 双向凝胶电泳(two-dimensional electrophoresis，2-DE)：利用蛋白质的等电点和分子量，结合凝胶化学特性，分离各种蛋白质的方法。 原 理 第一向在高压电场下对蛋白质进行等电聚焦电泳(IEF), 再在第一向垂直方向上进行第二向SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS)。 特 点 可分离10～100 kD分子量的蛋白质