DMU软件的介绍与使用方法.pptx

DMU软件的介绍与使用方法DMUThe DMU-packages is distributed as executables for a variety of platforms and operation systemsIs is free of charge for research purpose Download from: http://dmiu.agrsci.dk/http://dmiu.agrsci.dkDeveloped by Aarhus University第一套程序是免求导约束性最似然法估计方差组分D（derivative free）免求导DMUMU（multivariate）多性状Modules 模块：dmu1: Prepare program 数据处理和起始分析程序dmuai: REML estimation of (co)-variance components 约束性最大似然法估计方差组分dmu4: BLUP in core 最佳线性无偏预测 （建立系数矩阵求解）dmu5: BLUP iteration on data 最佳线性无偏预测（读取数据迭代求解）rjmc: Bayesian MCMC analysis (Gibbs sampling approach at this moment, Gibbs 抽样) 贝叶斯马科夫链蒙特卡洛分析DMU1 模块DMU1 是DMU的基本模块。所有分析模块都要先运行（自动调用）DMU1。DMU1的主要功能是： 读取数据 检查数据 对类型变量重新编码 整理组织数据 文件构建关系矩阵的逆矩阵DMUAI模块DMUAI应用约束性最大似然法（REML）估计方差组分，并估计模型里所有的效应值计算方法:平均信息算法（AI）期望最大化算法（EM）结合两种算法（AI-EM）统计模型线性模型广义线性模型（如Logit, Probit, cox-survival模型， et. al）功能普通加性遗传效应分析直接和母性加性遗传效应分析随机回归分析阈性状分析截尾数据（censored data）分析方差组分法QTL分析全基因组遗传效应分析其他适用于个体动物模型，公畜模型，公畜/母畜模型，外祖父模型数据记录文件输入文件系谱文件文件指令文件 (*.dir) 输出文件 (*.PAROUT; *.PAROUT_STD; *.SOL; *.lst)一、输入文件数据记录文件系谱文件输入文件只能含有数值，不能含有字符。整数数值范围为 -2147483648~2147483647(integer*4)，实数数值范围为|1.18·10-38~3.40*1038|(real*4).相邻两个数值之间至少有一个空符相隔。输入文件可以是文本文件，也可以是二进制文件。胎次 厂 年 季 日龄 与配公猪 母猪 母猪 总产仔数1、数据记录文件数据记录文件要求整数变量在前，实数变量在后。整数变量的缺失值用0代替。实数变量的缺失值用一个极小值代替（例，-999999），在指令文件（稍后论述）中赋予一个比这个值大的极小数值（例如，-9999），DMU将以这个赋值为阈值区分真实值和缺失值。2、系谱文件个体ID父本ID母本ID出生日期父母系谱父亲外祖父系谱第1列：个体ID号第2列：父亲ID号第3列：母亲ID号/外祖父ID号第4列：出生日期（DMU允许两种系谱格式二、指令文件（☆）$COMMENT注释$ANALYSE分析方法$DATA 记录数据$VARIABLE记录数据的变量名$MODEL模型$VAR_STR方差协方差结构$PRIOR方差协方差值$VAR_REST方差协方差限制$REDUCE降价$RESIDUAL剩余值估计$GLMM广义线性模型$MIXTURE混合分布模型$DMUAI(或$DMU4，$DMU5，$RJMC) 不同DMU模块的特别选项1、注释$COMMENT (可选项)用户自己的注释，最多可以输入十行，每行最多80个字符例$COMMENTData for the pig projectY=parity(胎次)+farm(场)+year(年)+season(季)+age(生产年龄)+sire(公猪)+permanent effect+additive effect+e2、分析方法 $ANALYSIS格式 $ANALYSIS DMU模块代码，计算方法代码，标度变换代码，输出要求代码0标度输出1 DMUAI模块0不进行标度变换1 AI结合EM算法DMUAI算法代码输出要求代码1标准输出，因数水平清单，每个因数水平的观察数标度变换代码DMU模块代码2 RJMC模块2 EM算法（