生物序列的数据库信息检索.ppt

NCBI数据资源 Nucleotide: 核酸序列数据库 PubMed: 生物医学科学文摘数据库 GEO：基因表达谱数据库。收集存储微阵列基因表达数据 Protein: 蛋白质序列数据库 SNP: 单核苷酸多态性数据库 Taxonomy: 物种分类学数据库 Gene: 基因数据库。提供序列及基因描述信息 Structure: 大分子三维结构数据库 3D Domains: 特定功能域的三维结构数据库 UniGene: GenBank分离的非冗余基因簇。包含已确定基因和EST。每个簇包含唯一的非冗余的基因序列、表达的组织类型和基因图谱位点。 UniSTS: 序列标签位点数据库，用于作图位点 PopSet: 人口研究数据库 Books: 在线生物医学图书数据库 OMIM: 在线人类孟德尔遗传目录数据库 Conserved Domains: 保守结构域数据库 Cancer Chromosomes: 癌症染色体数据库 Homologene: 基因同源物数据库 Journals: 杂志及出版社信息数据库 Genome: 基因组数据库，提供完成的基因组/染色体图形 GDS: GEO的基因表达实验与生物芯片数值结果数据库 NCBI：Entrez 检索规则 逻辑运算符（大写）： AND ，OR，NOT 运算过程由左至右，（）部分优先 空格分隔默认逻辑关系为 AND 多个单词短语加双引号 模糊检索使用 * 用[ ]限定字段，如限定基因名称为ATG1的检索 ：ATG1[GENE] 4，双序列Blast比对实例 PDGF-related-transforming protein sis (Woolly monkey sarcoma virus) MTLTWQGDPIPEELYKMLSGHSIRSFDDLQRLLQGDSGKEDGAELDLNMTRSHSGGELESLARGKRSLGSLSVAEPAMIAECKTRTEVFEISRRLIDRTNANFLVWPPCVEVQRCSGCCNNRNVQCRPTQVQLRPVQVRKIEIVRKKPIFKKATVTLEDHLACKCEIVAAARAVTRSPGTSQEQRAKTTQSRVTIRTVRVRRPPKGKHRKCKHTHDKTALKETLGA Platelet-derived growth factor subunit B (Homo sapiens) MNRCWALFLSLCCYLRLVSAEGDPIPEELYEMLSDHSIRSFDDLQRLLHGDPGEEDGAELDLNMTRSHSGGELESLARGRRSLGSLTIAEPAMIAECKTRTEVFEISRRLIDRTNANFLVWPPCVEVQRCSGCCNNRNVQCRPTQVQLRPVQVRKIEIVRKKPIFKKATVTLEDHLACKCETVAAARPVTRSPGGSQEQRAKTPQTRVTIRTVRVRRPPKGKHRKFKHTHDKTALKETLGA BCNI： Blast 双序列比对结果 5，序列数据信息检索实例 某天，Prof. Gene发现人的Hela细胞中，有丝分裂期间有异常情况：细胞不再分裂，而是开始凋亡(phenotype)，通过实验的方法(例如，酵母双杂交)，发现了与有丝分裂期间某个蛋白可能相互作用的一个基因，测序结果如下(genotype)： 问题一：这是什么基因？ nucleotide blast 提交序列 Blast结果 Blast结果2 BIRC5(survivin) Gene info: 17号染色体 功能注释：Gene Ontology 结论一 1. 该基因为人的BIRC5(survivin)基因，染色体定位：17号染色体73733311；基因标识符：NM_001168.2; 2. 初步的功能分析：细胞周期，caspase酶的抑制因子，等等。 问题二：编码的蛋白质序列是怎样的？ NM_001168.2 获取蛋白质的序列信息 NP_001159.2：142aa 结论二 人的Survivin蛋白质包含142个氨基酸，序列标识符为：NP_001159.2 问题三：有没有保守的功能结构域 (domain)？ 获取FASTA序列 FASTA格式的序列 查询保守结构域 输入蛋白质的FASTA序列 BIR domain 结论三 Survivin具有保守的功能结构域BIR 问题四：它的功能是怎样的？ UniProt: 蛋白质数据库 在人源数据库中做BLAST搜索 O15392 BIRC5的蛋白质信息 功能注释 结论四：功能分析 在瘤形成过程中可能起一定作用； 阻碍G2/M期的细胞编程性凋亡； Chromosomal passenger complex (CPC)的成员之一。