三种数字pcr平台对多靶标质粒标准物质的定值-应用科学学报.pdf

Online system: 农 业 生 物 技 术 学 报 Journal of Agricultural Biotechnology 2017, 25(9): 1500-1507 DOI: 10.3969/j.issn. 1674-7968.2017.09.013 三种数字PCR 平台对多靶标质粒标准物质的定值 郑兰 杨立桃 王灿华* 上海交通大学生命科学技术学院，上海200240 *通讯作者，wangcanhua@ 摘 要 数字PCR 是一种不依赖于外部标准曲线而对目标DNA/RNA 进行绝对定量的测量技术，在转基 因生物的定量检测、外源基因拷贝数分析以及标准物质定值方面具有广阔的应用前景。本研究基于3 种 数字PCR 平台：微流控芯片数字PCR(chamber digital PCR, cdPCR)、QX100™微滴数字PCR(droplet digital PCR, ddPCR) 和QuantStudio ™ 3D 数字PCR(3D digital PCR, 3D-dPCR) ，分别测定转基因油菜(Brassica campestris)多靶标质粒DNA 标准分子pCAN 的外源品系特异性序列拷贝数和內源标准基因磷酸烯醇丙酮 酸羧化酶基因(phosphoenolpyruvate carboxylase, PEP)拷贝数，二者之比即为pCAN 标准分子的特性量 值。实验结果表明，三种数字PCR 平台对多靶标质粒分子的各靶标的量值测定结果均接近真实值1 (copies/copies)，且反应体系稳定，重复性良好，相对标准差(relative standard deviation, RSD)均小于25% ， 说明这三种数字PCR 技术均能准确地对质粒标准物质进行定值。同时，本研究建立的基于cdPCR、 ddPCR 和3D-dPCR 平台的质粒标准物质的定值方法也为其他形式标准物质的定值提供新的方法借鉴。 关键词 转基因生物，多靶标质粒标准物质，微流控芯片数字PCR ，QX100™微滴式数字PCR ， QuantStudio™3D 数字PCR 中图分类号 S-3 文献标识码 A Validation Certified Value of Multi-targets Plasmid Reference Materials by Three Digital PCR Platforms ZHENG Lan YANG Li-Tao WANG Can-Hua* School of Life Science and Biotechnology, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai 200240, China *Corresponding author, wangcanhua@ Abstract Digital PCR is a new absolute quantitative method that does not rely on the external standard curves, and it shows broad application prospects in quantified detection of genetically modified organisms (GMOs), evaluation the exogenous gene copy number of GMOs and validation the certified values of GM reference materials. In this study, three digital PCR platforms including chamber digital PCR (cdPCR), droplet digital PCR (ddPCR) and 3D digital PCR (3D-dPCR) were used to quantify the copy number of exogenous fragments and endogenous gene ph